机械设备公司开机械发票应当按照以下步骤进行：

一、确定开票主体

机械设备公司作为提供服务的主体，应当向接受服务的对象（即客户或合作伙伴）开具发票。如果是机械租赁服务，则机械设备公司为出租方，需要向承租方开具发票。

二、准备开票资料

在开具发票前，机械设备公司需要准备好以下资料：

公司的税务登记证副本；

公司的开票资料（包括公司名称、税号、地址、电话等）；

与客户的合同或协议，明确服务内容、价格等条款；

机械的相关信息（如名称、型号、数量等）。

三、选择发票类型

根据提供的服务类型和客户需求，选择适合的发票类型。一般来说，如果客户需要抵扣进项税额，则应开具增值税专用发票；如果客户不需要抵扣，可以开具普通发票。

四、开具发票

登录税务系统或开票软件，输入客户信息和机械服务的相关信息；

核对信息无误后，生成发票并打印；

发票上应加盖公司的发票专用章；

将发票交给客户或邮寄给客户。

五、注意事项

确保所开具的发票内容真实、准确，不得虚开或伪造发票；

遵守相关税收法律法规，按时足额缴纳税款；

如果客户需要开具红字发票（即负数发票），应按照国家税务总局的规定进行处理；

妥善保管好发票存根和记账联，以备税务部门查验。

综上所述，机械设备公司开机械发票需要遵循一定的步骤和注意事项，确保发票的合法性和真实性。同时，公司也应加强与税务部门的沟通和协调，及时了解相关税收政策和法规的变化，以规避可能的税务风险。